Kegiatan penelitian diklasifikasikan ke dalam dua program yaitu Program Pembinaan dan Program Penelitian Mandiri.
Program Pembinaan diarahkan untuk menghasilkan peneliti mandiri, publikasi bertaraf nasional/internasional, dan peningkatan budaya meneliti produktif. Program ini mencakup berbagai penelitian baik yang didanai internal fakultas melalui DIPA PNBP Fakultas Ekonomika dan Bisnis UNDIP, maupun dana lainnya dari pemerintah dan swasta.
Program Penelitian Mandiri lebih diarahkan untuk menciptakan inovasi dan pengembangan IPTEKS dengan dana mandiri dari masing-masing peneliti.
Penelitian yang didanai dari berbagai sumber lainnya di luar dana DIPA FEB UNDIP dan dikoordinasikan oleh Lembaga Penelitian UNDIP antara lain:
- Program Penelitian Menuju World Class University
- Program Penelitian DP2M DIKTI, di antaranya:
- Penelitian Unggulan Perguruan Tinggi
- Penelitian Kerjasama Antar Perguruan Tinggi (PEKERTI)
- Penelitian Unggulan Strategis Nasional
- Penelitian Tim Pascasarjana
- Penelitian Fundamental
- Penelitian Hibah Bersaing
- Hibah Kompetensi
- Penelitian Disertasi Doktor
- Penelitian Dosen Pemula
- Riset Andalan Perguruan Tinggi dan Industri (RAPID)
- Penelitian Kerjasama Luar Negeri dan Publikasi Internasional
- Penelitian Kompetensi
- Penelitian Strategi Nasional
- Penelitian Prioritas Nasional MP3EI
- Program Kreativitas Penelitian Mahasiswa (PKPM)
- Program Kreativitas Mahasiswa Penulisan Ilmiah (PKMI)
- Program Penelitian Fasilitasi Perguruan Tinggi Provinsi Jawa Tengah, di antaranya:
- Penelitian Dosen Muda
- Penelitian Terapan
- Penelitian Inovatif Mahasiswa
- Lomba Karya Tulis Mahasiswa
- Program Insentif Kementerian Negara Riset dan Teknologi
- Program Riset Unggulan Terpadu (RUT) Provinsi Jawa Tengah
- Riset Institusi/Perusahaan Swasta
